In einer pluralistischen Gesellschaft wird es immer wichtiger, dass die christlichen Kirchen im Blick auf die gemeinsamen Herausforderungen kooperieren und die offenen theologischen Fragen angehen. Die Einheit der Kirche in versöhnter Verschiedenheit ist gerade in einer zunehmend zerrissenen und fragmentierten Gesellschaft ein notwendiges Zeugnis und unaufgebbares Ziel.

Das Zentrum Ökumene kooperiert mit christlichen Kirchen in der regionalen Ökumene, der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) Hessen und Rheinhessen.

Christliche Migrantinnen und Migranten suchen oftmals nach Orten, um ihren Glauben in Verbundenheit mit ihrer eigenen Kultur zu feiern. Die EKHN unterstützt dies auf vielfältige Weise. In über hundert Kirchengemeinden der EKHN sind "Gemeinden anderer Sprache und Herkunft" Gast.